Узнав от старцев о великой тяжести и высоте жизни пустынников, которым Господь посылает через Ангелов Свою помощь, преподобный Онуфрий возгорелся духом подражать их подвигам.
Ночью он тайно вышел из обители и увидел пред собой светлый луч. Святой Онуфрий испугался и решил вернуться, но голос Ангела-хранителя подвиг его на дальнейший путь. В глубине пустыни преподобный Онуфрий нашел пустынника и остался учиться у него пустынному житию и борьбе с диавольскими искушениями. Когда старец убедился, что святой Онуфрий укрепился в этой страшной борьбе, он довел его до указанного для подвигов места и оставил одного. Ежегодно старец приходил к нему и через несколько лет, придя к преподобному Онуфрию, скончался.
По просьбе преподобного Пафнутия,пришедшего к нему в пустыню, преподобный Онуфрий рассказал о своих подвигах и трудах и о том, как Господь утешил его: около пещеры, где он жил, выросла финиковая пальма и открылся источник чистой воды. Двенадцать ветвей пальмы поочередно приносили плоды, и преподобный не терпел голода и жажды. Тень пальмы укрывала его от полуденного зноя. Ангел приносил святому хлеб и каждые субботу и воскресенье причащал его, как и других пустынников Святых Тайн.
Преподобные беседовали до вечера. Вечером между старцами появился белый хлеб, и они вкусили его с водой. Ночь старцы провели в молитве. После утреннего пения преподобный Пафнутий увидел, что лицо преподобного Онуфрия изменилось, и испугался за него. Святой Онуфрий сказал: «Бог, Милосердный ко всем, послал тебя ко мне, чтобы ты предал погребению мое тело. В сегодняшний день я окончу мою временную жизнь и отойду к жизни бесконечной, в покое вечном ко Христу моему». Преподобный Онуфрий завещал святому Пафнутию, чтобы он рассказал о нем всем братьям-подвижникам и всем христианам ради их спасения.
Преподобный Пафнутий просил благословения остаться в пустыне, но святой Онуфрий сказал, что на это нет воли Божией, и велел вернуться в обитель и поведать всем о жизни Фиваидских пустынников. Благословив преподобного Пафнутия и простившись с ним, святой Онуфрий долго со слезами молился, затем возлег на землю, произнес свои последние слова: «В руки Твои, Боже мой, предаю дух мой», — и скончался.
Преподобный Пафнутий с плачем отодрал от своей одежды подкладку и завернул в нее тело великого пустынника, которое положил в углубление большого камня, наподобие гроба, и засыпал множеством мелких камней. Затем он стал молиться, чтобы Господь разрешил ему до конца жизни остаться на месте подвигов преподобного Онуфрия. Внезапно пещера обвалилась, пальма засохла, а источник иссяк.
Поняв, что ему нет благословения остаться, преподобный Пафнутий отправился в обратный путь.