Почти 40 лет из своих 64 отец Николай посвятил служению Богу в священническом сане. С 1997 года батюшка руководил в Волгоградской епархии миссионерским отделом и построил две плавучие миссионерские церкви, за что был награжден орденом святителя Иннокентия III степени.
С 2001 года протоиерей Николай Агафонов серьезно увлекается писательской деятельностью и в 2014 году стал Лауреатом Патриаршей премии по литературе.
Главный редактор журнала «Живое слово» Василий Ирзабеков сообщил, что непосредственно перед кончиной отец Николай соборовался: «Сегодня в 15.00 во время соборования отошел ко Господу большой русский писатель протоиерей Николай Агафонов. Имел счастье знать батюшку лично и испытал радость общения с ним… Прошу молитв о упокоении его светлой души!»
Перу талантливого писателя принадлежат: исторические романы «Иоанн Дамаскин» и «Жены-Мироносицы», сборник рассказов «Преодоление земного притяжения» и другие произведения.