Узнав о гонении, преподобный Исаакий покинул пустыню и пришел в Константинополь, чтобы утешать и укреплять православных.
В это время варвары-готы, жившие по Дунаю, пошли войной на империю. Они захватили Фракию и направились к Константинополю. Когда император Валент выходил с войском из столицы, преподобный Исаакий, обратившись к императору, громко воскликнул: «Царь, отопри храмы православным, и тогда Господь поможет тебе!». Но император, не обращая внимания на слова монаха, самоуверенно продолжал путь. Трижды повторял преподобный свою просьбу и пророчество. Рассерженный император приказал бросить преподобного Исаакия в глубокий овраг, поросший колючим терновником. На дне оврага было болото, выйти из него было невозможно. Но преподобный помощью Божией остался жив, вышел, догнал императора и сказал: «Ты хотел погубить меня, но святые Ангелы вывели меня из пропасти. Послушай меня, открой храмы православным и победишь врагов своих. Если же не послушаешь меня. то не возвратишься живым, но погибнешь в огне». Император удивился смелости старца и приказал своим приближенным Сатурнину и Виктору взять преподобного и держать в заключении до его возвращения.
Вскоре сбылось пророчество святого. Готы победили и начали преследовать греческие войска. Император вместе со своим военачальником-арианином укрылись в сарае с соломой и были сожжены наступавшими. После известия о гибели императора преподобного Исаакия освободили и стали почитать как пророка Божия. Когда на престол был избран святой царь Феодосий Великий (379 — 395), он по совету Сатурнина и Виктора призвал к себе старца, встретил его с великой честью, просил святых молитв и исполнил все его наставления: изгнал ариан из Константинополя и возвратил православным храмы. Преподобный Исаакий хотел возвратиться в пустыню, но Сатурнин и Виктор упросили его не уходить из города и ограждать его молитвами. В предместье Константинополя они построили для святого жилище, куда к нему собрались иноки. Так возникла обитель, игуменом и духовным наставником в которой был преподобный Исаакий. Он окормлял также и мирян, много помогал бедным и страждущим. Достигнув глубокой старости, преподобный Исаакий поставил вместо себя игуменом преподобного Далмата (память 3 августа), по имени которого стал называться монастырь. Скончался преподобный Исаакий в 383 году, память его празднуется также 22 марта.