Родился в семье крестьянина в небольшом селении Новгородской епархии. В 1505 году он приняв постриг в обители преподобного Саввы Крыпецкого близ Пскова.
После 10 лет подвижнической жизни в киновии удалился на реку Серемлю, в сторону города Осташкова, где 13 лет вел строгую аскетическую жизнь в непрерывной брани с кознями диавола которые выражались в явлениях призраков – гадов и диких зверей.
Многие жители из окрестных мест стали приходить к преподобному за наставлениями, но он стал этим тяготиться и молить Бога указать ему место для подвига безмолвия. Однажды после долгой молитвы он услышал голос: “Нил! Иди на озеро Селигер Там на острове Столобенском ты можешь спастись!” От приходивших к нему людей преподобный Нил узнал, где находится озеро и, придя туда, был поражен его красотой.
В середине озера – покрытый густым лесом остров; на нем преподобный нашел небольшую гору и выкопал пещеру, а спустя некоторое время построил хижину, в которой и прожил 26 лет. Подвиги строгого постничества и безмолвия сопровождал еще и другим, особенным подвигом – никогда не ложился спать, а позволял себе лишь легкую дремоту, опираясь на крюки, вделанные в стену келлии.
Богоугодная жизнь преподобного много раз возбуждала зависть врага, которая проявлялась через злобу местных жителей. Однажды кто-то поджег лес на острове, где стояла хижина преподобного, но пламя, дойдя до горы, чудесным образом угасло. В другой раз в хижину ворвались грабители. Преподобный сказал им:
“Все мое сокровище в углу кельи”. Там стояла икона Богоматери. Разбойники стали искать деньги и ослепли. Тогда в слезах раскаяния стали они молить святого о прощении.
Известны и многие другие чудеса, совершенные преподобным. Он безмолвно отказывался от приношений, если совесть у приходивших к нему была нечиста или они находились в нечистоте телесной.
В предчувствии кончины преподобный Нил приготовил себе гроб. А к самому времени преставления прибыл на остров игумен одного из близлежавших монастырей и приобщил его Святых Тайн. По уходе игумена преподобный Нил в последний раз совершил молитву, окадил святые иконы и келлию и предал Господу бессмертную свою душу 1554 году. Прославление его святых мощей (ныне почивающих в Знаменском храме г. Осташкова) совершилось в 1667 году .
Тропарь преподобного Нила Столобенского, глас 4
Яко светильник всесветел,/ явился еси во острове Селигера езера,/ преподобне отче Ниле,/ ты бо, крест Христов от юности своея на рамо взем,/ усердно Тому последовал еси,/ чистотою Богови приближився,/ отонудуже и чудес дарованием обогатился еси./ Тем и мы, притекающе к раце мощей твоих, умильно глаголем:/ отче преподобне,/ моли Христа Бога// спастися душам нашим.
Кондак преподобного Нила Столобенского, глас 8
Отечества, преподобне, удалився,/ в пустыню вселился еси,/ и, на остров Селигера езера возшед,/ жестоко житие показал еси,/ и, многих добродетельми удивив,/ дарования чудес от Христа приял еси./ Поминай нас, чтущих память твою, да зовем ти:// радуйся, Ниле, отче наш.
Преподобный Нил Столобенский, моли Бога о нас!