В миру Феодор, происходил из знатного боярского рода Колычевых, занимавших видное место в Боярской думе при дворе московских государей.

Родился в 1507 году.Юный Феодор Колычев прилежал к Священному Писанию и святоотеческим книгам, на которых зиждилось старинное русское просвещение, совершавшееся в Церкви и в духе Церкви. Великий князь Московский, Василий III Иоаннович, отец Иоанна Грозного, приблизил ко двору молодого Феодора, которого, однако, не манила придворная жизнь. Сознавая ее суетность и греховность, Феодор всё глубже погружался в чтение книг и посещение храмов Божиих. Жизнь в Москве угнетала молодого подвижника, душа его жаждала иноческих подвигов и молитвенного уединения. Искренняя привязанность к нему юного княжича Иоанна, предвещавшая большое будущее на поприще государственного служения, не могла удержать в граде земном взыскующего Града Небесного.

В воскресный день, 5 июня 1537 года, в храме, за Божественной литургией, Феодору особенно запали в душу слова Спасителя: «Никто не может работать двум господам» (Мф. 6, 24), решившие его дальнейшую судьбу. Усердно помолившись Московским чудотворцам, он, не прощаясь с родными, тайно, в одежде простолюдина покинул Москву и некоторое время укрывался от мира в деревне Хижи, близ Онежского озера, добывая пропитание пастушескими трудами. Жажда подвигов привела его в знаменитый Соловецкий монастырь на Белом море. Там он исполнял самые трудные послушания: рубил дрова, копал землю, работал на мельнице.

1546 году в Новгороде Великом архиепископ Феодосий посвятил Филиппа во игумена Соловецкой обители.
Для тайных молитвенных подвигов святой Филипп часто удалялся на безмолвие в глухое пустынное место, за две версты от монастыря, получившее впоследствии название Филипповой пустыни.

Но Господь готовил святого угодника для иного служения и иного подвига. В Москве о соловецком отшельнике вспомнил любивший его когда-то в отроческие годы Иоанн Грозный. Царь надеялся, что найдет в святителе Филиппе верного сподвижника, духовника и советника, который по высоте монашеской жизни ничего общего не будет иметь с мятежным боярством. Святость митрополита, по мнению Грозного, должна была одним кротким духовным веянием укротить нечестие и злобу, гнездившуюся в Боярской думе. Выбор первосвятителя Русской Церкви казался ему наилучшим.

Святитель долго отказывался возложить на себя великое бремя предстоятеля Русской Церкви. Духовной близости с Иоанном он не чувствовал. Он пытался убедить царя уничтожить опричнину, Грозный же старался доказать ему ее государственную необходимость. Наконец, Грозный царь и святой митрополит пришли к уговору, чтобы святому Филиппу не вмешиваться в дела опричнины и государственного управления, не уходить с митрополии в случаях, если царь не сможет исполнить его пожеланий, быть опорой и советником царя, как были опорой московских государей прежние митрополиты. 25 июля 1566 года свершилось посвящение святого Филиппа на кафедру Московских Святителей, к сонму которых предстояло ему вскоре присоединиться.

Самозванное иночество Грозного, мрачным игом тяготевшее над Россией, возмущало святителя Филиппа, считавшего, что нельзя смешивать земного и небесного, служения креста и служения меча. Тем более, что святой Филипп видел, как много нераскаянной злобы и ненависти скрывается под черными шлыками опричников. Были среди них и просто убийцы, очерствевшие в безнаказанном кровопролитии, и мздоимцы-грабители, закоренелые в грехе и преступлении. Попущением Божиим история часто делается руками нечестивцев, и как бы ни желал Грозный обелить пред Богом свое черное братство, кровь, пролитая его именем насильниками и изуверами, взывала к небу.

Святитель Филипп решился противостать Грозному. Это было связано с новой волной казней в 1567 — 1568 годах. Осенью 1567 года, едва царь выступил в поход на Ливонию, как ему стало известно о боярском заговоре. Изменники намеревались захватить царя и выдать польскому королю, уже двинувшему войска к русской границе. Иоанн Грозный сурово расправился с заговорщиками и вновь пролил много крови. Грустно было святому Филиппу, но сознание святительского долга понуждало его смело выступить в защиту казненных. Окончательный разрыв наступил весной 1568 года. В Неделю Крестопоклонную, 2 марта 1568 года, когда царь с опричниками пришел в Успенский собор, как обычно, в монашеских облачениях, святитель Филипп отказался благословить его, но стал открыто порицать беззакония, творимые опричниками: «учал митрополит Филипп с государем на Москве враждовати об опричнине». Обличение Владыки прервало благолепие церковной службы. Грозный в гневе сказал: «Нам ли противишься? Увидим твердость твою! — Я был слишком мягок с вами», — добавил царь, по свидетельству очевидцев.

Царь стал проявлять еще большую жестокость в преследовании всех противившихся ему. Казни следовали одна за другой. Участь святителя-исповедника была решена. Но Грозный хотел соблюсти канонический порядок. Боярская дума послушно вынесла решение о суде над Главой Русской Церкви. Над Митрополитом Филиппом был устроен соборный суд в присутствии поредевшей Боярской думы. Нашлись лжесвидетели: к глубокой скорби святителя, это были иноки из возлюбленной им Соловецкой обители, его бывшие ученики и постриженики. Святого Филиппа обвиняли во множестве мнимых преступлений, до колдовства включительно. «Я — пришелец на земле, как и все отцы мои, — смиренно отвечал святитель, — готов страдать за истину». Отвергнув все обвинения, святой страдалец пытался прекратить суд, объявив о добровольном сложении митрополичьего сана. Но отречение его не было принято. Мученика ждало новое поругание. Уже по вынесении приговора о пожизненном заточении в темнице, святого Филиппа заставили служить Литургию в Успенском соборе.

Это было 8 ноября 1568 года. В середине службы в храм ворвались опричники, всенародно зачитали соборное осуждение, порочившее святителя, сорвали с него архиерейское облачение, одели в рубище, вытолкали из храма и на простых дровнях отвезли в Богоявленский монастырь. Мученика долго томили в подвалах московских монастырей, ноги старца забивали в колодки, держали его в оковах, накидывали на шею тяжелую цепь. Наконец, отвезли в заточение в Тверской Отрочь монастырь. Там год спустя, 23 декабря 1569 года, святитель принял мученическую кончину от руки Малюты Скуратова.
Еще за три дня святой старец предвидел окончание своего земного подвига и причастился Святых Тайн. Мощи его были преданы земле первоначально там же, в монастыре, за алтарем храма. Позже совершилось перенесение их в Соловецкую обитель (11 августа 1591) и оттуда — в Москву (3 июля 1652).