В 1408 г., когда Москва и ее окрестности подверглись нашествию татарских орд Едигея, Троицкая обитель была опустошена и сожжена, иноки во главе с игуменом Никоном укрылись в лесах, сохранив иконы, священные сосуды, книги и другие святыни, связанные с памятью преподобного Сергия.
В ночном видении накануне татарского набега Преподобный Сергий известил своего ученика и преемника о грядущих испытаниях и предрек в утешение, что искушение будет непродолжительно и святая обитель, восстав из пепла, процветет и еще более возрастет. Митрополит Филарет писал об этом в «Житии Преподобного Сергия»: «По подобию того, как подобало пострадать Христу, и чрез крест и смерть войти в славу воскресения, так и всему, что Христом благословляется на долготу дней и славу, подобно испытать свой крест и свою смерть». Пройдя через огненное очищение, воскресла в долготу дней обитель Живоначальной Троицы, восстал и сам преподобный Сергий, чтобы уже навеки своими святыми мощами пребывать в ней.
Пред началом строительства нового храма во имя Живоначальной Троицы на месте деревянного, освященного 25 сентября 1412 года, Преподобный явился одному благочестивому мирянину и велел известить игумену и братии: «Зачем оставляете меня столько времени во гробе, землей покровенного, в воде, утесняющей тело мое?» И вот при строительстве собора, когда рыли рвы для фундамента открыты и изнесены были нетленные мощи Преподобного, и все увидели, что не только тело, но и одежды на нем были невредимы, хотя кругом гроба действительно стояла вода. При большом стечении богомольцев и духовенства, в присутствии сына Димитрия Донского, князя Звенигородского Юрия Димитриевича, святые мощи были изнесены из земли и временно поставлены в деревянной Троицкой церкви (на том месте находится теперь церковь Сошествия Святого Духа). При освящении в 1426 году каменного Троицкого собора они были перенесены в него, где и пребывают доныне.
Все нити духовной жизни Русской Церкви сходятся к великому Радонежскому угоднику и чудотворцу, по всей православной Руси благодатные животворящие токи распространяются от основанной им Троицкой обители.
Почитание Святой Троицы в русской земле началось со святой равноапостольной Ольги, воздвигшей первый на Руси Троицкий храм в Пскове. Позже воздвигались такие храмы в Великом Новгороде и других городах.
Духовный вклад Преподобного Сергия в богословское учение о Святой Троице особенно велик. Преподобный глубоко прозирал сокровенные тайны богословия «умными очами» подвижника — в молитвенном восхождении к Триипостасному Богу, в опытном Богообщении и Богоуподоблении.
Радонежский подвижник, его ученики и собеседники, обогатили Русскую и Вселенскую Церковь новым богословским и литургическим ведением и видением Живоначальной Троицы, Начала и Источника жизни, являющей Себя миру и человеку в соборности Церкви, братском единении и жертвенной искупительной любви ее пастырей и чад.
Духовным символом собирания Руси в единстве и любви, исторического подвига народа стал храм Живоначальной Троицы, воздвигнутый Преподобным Сергием, «чтобы постоянным взиранием на Нее побеждался страх ненавистной розни мира сего».
Почитание Святой Троицы в формах, созданных и завещанных святым игуменом Радонежским, стало одной из наиболее глубоких и самобытных черт русской церковности. В Троице Живоначальной Преподобным Сергием было указано не только святое совершенство вечной жизни, но и образец для жизни человеческой, духовный идеал, к которому должно стремиться человечество, потому что в Троице, как Нераздельной, осуждаются усобицы и благословляется соборность, а в Троице, как Неслиянной, осуждается иго и благословляется свобода. В учении Преподобного Сергия о Пресвятой Троице русский народ глубоко чувствовал свое кафолическое, вселенское призвание, и, постигнув всемирное значение праздника, народ украсил его всем многообразием и богатством древнего национального обычая и народной поэзии. Весь духовный опыт и духовное устремление Русской Церкви воплотились в литургическом творчестве праздника Святой Троицы, троицких церковных обрядов, икон Святой Троицы, храмов и обителей Ее имени.
«Ненавистная рознь», раздоры и смятения мирской жизни преодолевались иноческим общежитием, насажденным Преподобным Сергием по всей Руси. У людей не было бы разделения, раздоров и войн, если бы человеческая природа, созданная Творцом по образу Божественного Триединства, не была искажена и раздроблена первородным грехом. Преодолевая своим сораспятием Спасителю грех особности и разделения, отвергаясь «своего» и «себя», иноки-общежительники, по учению святого Василия Великого, восстанавливают Первозданное единство и святость человеческой природы. Обитель Преподобного Сергия стала для Русской Церкви образцом такого восстановления и возрождения, в ней воспитались святые иноки, пронесшие затем начертание истинного пути Христова в отдаленные пределы. Во всех своих трудах и деяниях Преподобный Сергий и его ученики воцерковляли жизнь, давая народу живой пример возможности этого. Не отрекаясь от земного, но преображая его, они звали восходить и сами восходили к Небесному.
К Преподобному Сергию, как к неиссякаемому источнику молитвенного духа и благодати Господней, во все времена шли на поклонение — для назидания и молитвы, за помощью и исцелением — тысячи народа. И каждого из прибегающих с верой к его чудотворным мощам он исцеляет и возрождает, исполняет силы и веры, преображает и возводит к своей светоносной духовности.
Но не только духовные дары и благодатные исцеления подаются всем, приходящим с верою к мощам Преподобного, но ему дана также от Бога благодать защищать от врагов Русскую землю. Своими молитвами Преподобный был с воинством Димитрия Донского на Куликовом поле; он благословил на ратный подвиг своих пострижеников-иноков Александра Пересвета и Андрея Ослябя. Он указал Иоанну Грозному место для сооружения крепости Свияжска и помогал в победе над Казанью. Во время польского нашествия Преподобный Сергий явился во сне нижегородскому гражданину Козме Минину, повелевая собирать казну и вооружать войско для освобождения Москвы и Русского государства. И когда в 1612 г. ополчение Минина и Пожарского после молебна у Святой Троицы двинулось к Москве, благодатный ветр развевал православные стяги, «яко от гроба самого Чудотворца Сергия».
К периоду Смутного времени и польского нашествия относится героическое «Троицкое сидение», когда многие иноки по благословению преподобного игумена Дионисия повторили священный ратный подвиг сергиевых учеников Пересвета и Ослябя. Полтора года — с 23 сентября 1608 г. по 12 января 1610 года — осаждали поляки обитель Живоначальной Троицы, желая разграбить и разрушить этот священный оплот православия. Но заступлением Пречистой Богородицы и молитвами Преподобного Сергия, «со многим стыдом» бежали наконец от стен монастыря, гонимые Божиим гневом, а вскоре и сам предводитель их Лисовский погиб лютой смертью как раз в день памяти Преподобного, 25 сентября 1617 г. В 1618 г. приходил к стенам Святой Троицы сам польский королевич Владислав, но, бессильный против охраняющей обитель благодати Господней, вынужден был подписать перемирие с Россией в принадлежавшем монастырю селе Деулине. Позже здесь был воздвигнут храм во имя Преподобного Сергия.
В 1619 году посетил Лавру приехавший в Россию Иерусалимский патриарх Феофан. Он в особенности пожелал видеть тех иноков, которые в годину военной опасности дерзнули возложить на себя поверх иноческих одеяний боевые кольчуги и с оружием в руках встали на стенах святой обители, отражая неприятеля. Преподобный Дионисий, игумен, возглавлявший оборону († 1633), представил патриарху более двадцати иноков.
Первым из них был Афанасий (Ощерин), самых преклонных лет, до желтизны седой старец. Патриарх спросил его: «Ты ли ходил на войну и начальствовал над воинами?». Старец ответил: «Да, Владыко святой, понужден был кровавыми слезами». — «Что же свойственнее иноку — молитвенное уединение или воинские подвиги пред людьми?» — Блаженный Афанасий, поклонясь, отвечал: «Всякая вещь и всякое дело познается в свое время. Вот подпись латинян на голове моей, от оружия. Еще шесть памятей свинцовых в моем теле. В келлии сидя, в молитвах, разве смог бы я обрести таких побудителей к воздыханию и стенанию? А было все это не нашим изволением, но по благословению пославших нас на Божию службу». Тронутый мудрым ответом смиренного инока, патриарх благословил и поцеловал его. Он благословил и остальных монахов-воинов и выразил одобрение всему братству Лавры Преподобного Сергия.
В последующее время обитель продолжала быть неоскудевающим светочем духовной жизни и церковного просвещения. Из ее братии избирались на чреду служения многие прославленные иерархи Русской Церкви. В 1744 году обитель за заслуги перед Родиной и верой стала именоваться Лаврой. В 1742 г. в ее ограде учреждена духовная семинария, в 1814 году сюда была переведена Московская духовная академия.
И ныне Дом Живоначальной Троицы служит одним из главных благодатных центров Русской Православной Церкви. Здесь изволением Святого Духа совершаются деяния Поместных Соборов Русской Церкви. В обители имеет местопребывание Святейший Патриарх Московский и всея Руси, который носит на себе особенное благословение Преподобного Сергия, являясь, по установившемуся правилу, «Свято-Троицкой Сергиевой Лавры священноархимандритом».
Пятое июля, день обретения мощей святого аввы Сергия, игумена Русской земли — самое многолюдное и торжественное церковное празднество в обители.