Святитель был ревностным защитником иконопочитания и с воцарением императора-иконоборца Льва Армянина (813 — 820) в 815 году был сослан на остров Проконнис, где скончался в 828 году.
В 846 году святые мощи Патриарха Никифора были обретены нетленными и благоухающими. Их перенесли из Проконниса в Константинополь и положили на один день в храме святой Софии, а затем перенесли в храм святых Апостолов. Рука святителя хранится в Хилендарском монастыре на Афоне.
Святитель оставил после себя три сочинения, направленные против иконоборцев