Охлобыстин был рукоположен во священники архиепископом Ташкентским и Среднеазиатским Владимиром (Икимом) в Ташкентской епархии в 2001 году и до 2005 года служил в московском храме святителя Николая (Спаса Преображения) в Заяицком.
В 2010 году отец Иоанн по собственной инициативе был освобожден от служения Патриархом Московским и всея Руси Кириллом — согласно данной процедуре, ему было запрещено ношение священнических одежд и иерейского креста — это и называется «запретом».
«Запрет» был связан с решением отца Иоанна продолжить свою актерскую карьеру, что по церковным правилам не может совмещаться со священнослужением. Отец Иоанн объяснил свой поступок необходимостью обеспечения достойного существования своим детям. Несколько позже он пытался участвовать в президентских выборах, но быстро снял свою кандидатуру.
После окончания последнего, четвертого сезона «Интернов», который сейчас демонстрируется на телеканале ТНТ, Иван Охлобыстин заявил о намерении вернуться к церковной службе и сократить съемки в кино.
Иван Охлобыстин заявил журналистам: «»Интерны» заканчиваются весной, а потом должно пройти еще 3-4 месяца, чтобы я смог написать письмо патриарху. Нужно, чтобы у людей не было диссонанса: когда они видят сначала человека на амвоне, а потом приходят домой, включают телевизор и видят его же в телевизоре. Мне не хочется, чтобы это бросало тень на Церковь. Я очень люблю институт Церкви, я его понимаю очень хорошо, потому что я воспринимаю его логикой сельских деревенских попов с окраин. Вот моя основная любимая аудитория, мои собеседники. Мне хотелось бы вернуться, это очень комфортный для меня мир».
«По занятости я просидел в «Интернах», как в тюрьме, 5 лет, очень тяжело находиться в одном помещении столько времени, это же с ума сойти. И потом, я все-таки режиссер, а не актер, у меня нет такой подпитки от известности, как у актеров. Смогу я опять гулять по улицам, заглядывать в кафешки, кофе пить и не фоткаться беспрерывно. Так-то меня это не очень напрягает, но ведь живу, как вампир, — гуляю в пустынных лесопарках, где и маньяки-то боятся гулять. А мне там очень хорошо — фоткаться не надо, и думается светлее в этой темноте. Так что я рад, что проект заканчивается, хотя благодарен судьбе, что работал с этими интересными людьми, и проект интересный, и познал индустрию, — добавил Охлобыстин.
Минувшая неделя в Москве прошла под знаком премьеры киноленты «Иерей-сан» по сценарию Охлобыстина, где он также исполнил одну из главных ролей. Главную мужскую роль в фильме сыграл американский актер японского происхождения Кэри-Хироюки Тагава, который после премьеры принял православие под именем Пантелеймона.
Напомним, что сериал «Интерны» демонстрируется на ТНТ с 2010 года, являясь одним из самых рейтинговых проектов канала. Недавно директор по маркетингу ТНТ Гавриил Гордеев рассказал «Известиям», что канал не планирует продлять «Интернов» на пятый сезон, хотя возможно фильм выйдет в полнометражной версии.