В этот период истории внутренние смуты и ереси раздирали церковное единство.
В 448 году святитель Флавиан созвал Поместный Собор в Константинополе для рассмотрения ереси Евтихия, утверждавшего одно естество в Господе Иисусе Христе. Упорствующий в своем заблуждении, еретик Евтихий был отлучен от Церкви и лишен сана. У еретика был могущественный покровитель в лице Хрисафия, приближенного к императору евнуха. Хрисафий интригами склонил на сторону Евтихия Диоскора, епископа Александрийского, и добился от императора разрешения на созыв в Ефесе собора, получившего впоследствии название разбойничьего.
На разбойничьем соборе председательствовал Диоскор, добившийся угрозами и силой оправдания еретика Евтихия и осуждения святого патриарха Флавиана. Святой Флавиан на заседании собора был жестоко избит дерзкими монахами под предводительством некоего Варсумы. Даже сам нечестивый председатель разбойничьего собора еретик Диоскор принял участие в этом избиении. После этого на святителя Флавиана были возложены тяжелые вериги, и он осужден был на изгнание в Ефес. Однако Господь прекратил его дальнейшие страдания, послав ему смерть (+ в августе 449 или 459).
Благоверная царица Пульхерия удалилась из дворца. Вскоре открылись интриги Хрисафия. Император его отстранил, а свою сестру святую Пульхерию вновь приблизил. Ее стараниями мощи святителя патриарха Флавиана были с честью перенесены из Ефеса в Константинополь.